Para o correto exercício das suas funções, a AdNA, dispõe de um conjunto de órgãos para apoio à gestão da Administração. O seguinte organograma demonstra como é constituída a estrutura funcional da AdNA.

Os órgãos apresentados apresentam a seguinte afetação:
Secretariado da Administração
Integra um conjunto de profissionais com competências tendo em vista o apoio à atividade de secretariado.
Direção de Operação e Manutenção
É responsável pela produção da empresa (tratamento de águas residuais e abastecimento de água em alta), garantindo a prestação de um serviço de qualidade. Tem ainda a responsabilidade pela implementação da manutenção preventiva e corretiva da empresa.
Direção de Engenharia
É responsável pela concretização de todos os investimentos da concessionária. Acompanha o desenvolvimento de estudos, projetos e empreitadas, bem como a sua implementação. É também responsável pela constituição de servidões e expropriações.
Direção Administrativa e Financeira
É responsável pelas áreas de contabilidade, tesouraria, planeamento financeiro, controlo de gestão, gestão de frota e recursos humanos. É ainda responsável pela realização do orçamento e projeto tarifário anual.
Comunicação e Educação Ambiental
Trata-se de um órgão de apoio à Administração que tem como objetivo a divulgação e organização de ações que têm como objetivo dar a conhecer a AdNA, mostrar muito do seu trabalho e o seu contributo para a valorização ambiental e social do Norte Alentejano.
Apoio Jurídico/ Secretário da Sociedade
Trata-se de órgão de apoio á Administração que tem como função o acompanhamento de questões jurídico legais, apoio a processos negociais e elaboração de acordos.
